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Affymetrix HTA 2.0芯片检测

研究表明,数万个人类基因组中包含了几十万个外显子,它们产生了几十万不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或者去除时,这些转录本异构体就产生了。HTA 2.0(Human Transcriptome Array 2.0)是目前分辨率最高的表达谱芯片,这一高分辨率芯片包含了超过七百万个探针,完整全面覆盖了编码和非编码转录本。其中,70%的探针覆盖于编码转录本的外显子,30%的探针覆盖外显子-外显子之间的剪切位点连接处和非编码转录本,可同时用于基因表达、可变剪接检测;另外,该芯片还收录了大量非编码RNA片段,可用于非编码RNA转录的检测。该芯片通过高效扩增方法,可以从低至50ng的总RNA起始进行高通量、低成本检测,非常适合临床样本转录组水平全面基因组研究。

探针设计| 技术优势| 测序结果比较| 结果展示|

HTA2.0是目前分辨率最高的表达谱芯片,这一高分辨率芯片包含了超过七百万的探针,全面覆盖了编码和非编码转录本。其中,70%的探针覆盖于编码转录本的外显子,30%的探针覆盖外显子-外显子之间的连接处和非编码转录本。另外,为确保转录组的均一覆盖,HTA2.0对每个外显子设计约10条探针,每个外显子-外显子之间的连接处有4条探针,可保证每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。

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其探针设计方式如下图所示: 

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全面的转录本信息:>730万的高密度探针全面覆盖编码和非编码转录本信息。整合了多个公共数据库,包括RefSeq, UCSC, Vega, GENCODES,MGC, lincRNAs TUCPs, lincRNAdb, UCSC lincRNA, noncode.org 等,保证了HTA2.0 涵盖的探针信息更完整。

分辨率高:是目前分辨率最高的基因表达分析芯片,包含超过七百多万不同探针,每个外显子设计约10 条探针,每个外显子junction区域有4条探针,完整覆盖了编码和非编码转录本。可以检测已知的转录本及可变剪接。

全新数据分析软件(TAC):该软件可进行基因差异表达分析和可变剪接分析;较好的图形化展示结果,可展示不同 transcript isoforms;对于关注的转录本可直接链接到公共数据库。

HTA2.0RNA Seqence
数据库来源兼顾多个数据库,全面检测转录本参考的数据库较少,会遗漏可变剪接的发生
检测准确度对于低丰度基因也可准确检测10-20M数据量很难检测到低丰度基因
数据分析快速、全面需要专业生物信息学人员
实验周期较短较长,花费数月时间

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