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Affymetrix miRNA芯片检测

Affymetrix GeneChip miRNA 4.0,这款芯片不仅完全覆盖Sanger miRBase 20.0版本203个物种的所有miRNA成熟体,还包括人snoRNA和scaRNA检测探针组,以及专门用于检测人、大鼠、小鼠的miRNA前体发夹序列的探针组,是研究miRNA全面而有效的芯片工具。

检测原理| 技术优势| 产品列表| 检测物种及miRNA数目| 数据分析|

Affymetrix miRNA芯片检测,采用FlashTag Biotin RNA Labeling Kit进行样品标记过程,具有快速,精确,灵敏度高,重复性好的特点。RNA样品采用Poly(A) RNA聚合酶加尾,利用RNA连接酶将带有生物素标记的信号分子与之连接,连接产物和芯片进行杂交反应。可标记多种RNA样品:如total RNA;降解的RNA;低分子量RNA (LMW RNA)。整个标记过程可以在一个小时内完成。标记过程如下所示:

affy-miRNA 芯片实验流程

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

该方法高灵敏度主要归因于Genisphere3DNA多聚体信号放大技术,该多聚体是由多条DNA交联并结合有生物素的带有许多分枝的生物大分子,每个3DNA分子结合有大约15个生物素,而普通标记物通常只结合一个生物素分子。

 

  • 探针设计覆盖全面:该芯片全面覆盖203个物种的miRNA,还包括人snoRNA和scaRNA,以及可对人、大鼠、小鼠的miRNA前体发夹序列进行全面检测。
  • 超高的灵敏性:采用专利FlashTag Biotin RNA Labeling Kits,Total RNA起始量最低可至130ng;在1amol中能检测到94%的miRNA。
  • 高度的可重复性:芯片重复性好,高达0.95;无需进行miRNA扩增。
  • 专一性设计:能在一个实验中对miRNA前体和成熟体进行有效区分。

服务名称
检测miRNAs数目
GeneChip miRNA 4.0芯片服务

完全覆盖Sanger miRBase 20.0 版本203个物种的所有成熟miRNA共30,424个探针组。

人成熟miRNAs 2,578;小鼠成熟miRNAs 1,908;大鼠成熟miRNAs 728。

人、大鼠、小鼠的miRNA前体分别为2,025、1,255、490个。

snoRNA和scaRNA 1,996个。来源:snoRNABase和Ensemble Archive。

 

 

 

Affymetrix miRNA4.0 芯片检测的物种及数目,请链接:DataSheet_miRNA 4.0_CN.pdf

miRNA芯片数据分析部分结果展示如下:

 

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