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Affymetrix mRNA 表达谱芯片检测

Affymetrix公司基因表达谱芯片覆盖物种广泛,在真核生物表达谱检测芯片方面产品种类最为齐全。Affymetrix表达谱芯片主要有3’IVT芯片和全转录本芯片,采用短探针(通常25mer长度),多位点设计(对一个基因转录本,设计多个探针,综合起来评价检测信号。

探针设计| 检测原理| 技术特点| IVT产品列表| WT产品列表| 数据分析|

Affymetrix表达谱芯片主要包括3IVT芯片和全转录本芯片两大类,其探针设计如下:

 

3端表达谱芯片(3Expression Arrays):主要针对基因3末端上游约600bp的序列设计约11组PM-MM探针,这些探针检测到的信号值与靶标序列的表达水平存在线性关系。这类芯片包括人U133 plus2.0;小鼠430 2.0;大鼠230 2.0等多个物种的经典产品。

 

全转录组分析芯片:采用随机引物法扩增靶标序列,因此其探针设计区域无需局限于3末端,对于原核生物针对开放读码框来设计探针,对于真核生物针对基因的外显子设计探针,因此可以用于全转录本表达谱分析。目前已经推出了人、小鼠、大鼠Gene 2.0 ST(ST是”Sense Target”的缩写,表示检测正义链核酸)芯片。

affy

Affymetrix WT(Whole Transcript)芯片和3表达谱芯片,所用检测流程不同,图示如下:

图片3

我们以人类基因表达检测的常用芯片为例说明各自技术特点,见下表:

芯片种类
检测特点
3’端表达谱芯片
检测方法基于3’端扩增原理,芯片检测反义链。已被广泛使用,并有大量发表的文献,易于比较分析。为FFPE样本,专门推出了Xcel芯片,可进行FFPE的肿瘤样本表达谱研究。同时还推出了性能优越的PrimeView芯片。
全转录组芯片
检测方法基于随机引物扩增原理,芯片检测正义链。更准确的分析结果,可以做到一个基因一个信号值。对于HTA2.0芯片可以进行lncRNA的检测,同时也可以进行可变剪接的分析。

ivt-8

wt-7

表达谱数据分析结果展示,请参看链接 http://bioservices.capitalbio.com/swsxh/bdpxpsjjcfx/21310.shtml