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Affymetrix 全基因组 SNP 芯片检测

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP) 指基因组单个核苷酸的变异,它是最微小的变异单元,是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单核苷酸多态性是基因组上高密度的遗传标志,在人类基因组中已发现的SNP数量超过3000万。作为第三代遗传标记,SNP数量众多、分布密集、易于检测,因而是理想的基因分型目标。SNP分型检测在疾病基因组(如疾病易感性),药物基因组(药效、药物代谢差异和不良反应)和群体进化等研究中具有重大意义。 在人研究方面,Affymetrix 公司有分别基于GeneChip和GeneTitan平台的 SNP 6.0 芯片和针对中国人群设计的CHB1&2 Array,既可用于全基因组SNP分析,又可用于CNV分析,极大地方便了中国人类疾病GWAS研究。Affymetrix公司针对多个农业物种也开发了多款商品化的基因分型芯片,如鸡、牛、水牛、鲑鱼、水稻、小麦、辣椒、草莓等,为农业育种研究、遗传图谱构建、群体基因组学研究提供研究手段。此外,Affymetrix公司还支持定制芯片,最低起订量为480个样品。

检测原理| 技术优势| 产品列表| 定制芯片| 数据分析|

基于GeneChip平台的人SNP 6.0 芯片实验流程:

Affymetrix Genome-Wide Human SNP array 6.0 芯片实验流程

 

基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片检测流程:

83685833

 

 

一、独特的芯片设计保证了高重复性和检测一致性;

二、人SNP 6.0芯片即可用于SNP检测,又能用于CNV分析,并且具有极高的全基因组探针物理覆盖率。
三、定制芯片更灵活、经济和高效。
1、强大的定制功能可对任何物种、任何基因组规模和任何倍性水平进行基因分型,Axiom 分析可检测插入/缺失并保证包含所有候选SNP,与相邻SNP最近可达20 bp,实现了更高效的QTL分析。
2、定制芯片格式灵活:可在同一块芯片上包含多个物种的标记;每块芯片上可设计1,500-675,000个SNP的多重分析,性价比高。
3、定制芯片扩展性好:最低起订量需480个样品,再次订购低至192个样品即可。
4、定制芯片速度快:在最终确定芯片内容后最快6周内获得芯片。
5、Affymetrix已开发出先进的基因型检出算法和软件工具,适合多倍体和二倍体基因组的分析。
四、博奥生物专业的分型实验室条件,合理布局和气压控制,防止PCR产物污染;

五、博奥生物分型实验室具有多套仪器设备备份,操作熟练而稳定的技术员团队,运行严格的管理体系。

Affymetrix 针对人、鸡、牛、水牛、鲑鱼、水稻、莴苣、辣椒、草莓等开发了全基因组SNP芯片,详细信息请见下面产品列表。同时Affymetrix还有一些定制的SNP芯片,包括:鲶鱼、三文鱼、蜜蜂、埃及伊蚊、水稻、小麦、棉花、大豆、马铃薯、西红柿、向日葵、西瓜、观赏花(菊花、康乃馨、天竺葵和长寿花)等物种。  

物种
产品名称
SNP位点数目
其它
Human
Axiom Genome-Wide CHB1 Array Plate
640,673
HapMap, dbSNP和1000 Genomes Project数据库
Axiom Genome-Wide CHB1&2 Array Plate (2张芯片/set)
1,296,521
HapMap, dbSNP和1000 Genomes Project数据库
Axiom Genome-Wide ASI 1 Array Plate
600,307
HapMap, dbSNP和1000 Genomes Project数据库
GeneChip Genome-Wide Human SNP Array 6.0
906,000 SNPs+946,000 CNVs
HapMap, dbSNP数据库等
Mouse 小鼠
GeneChip Mouse Diversity Genotyping Array
>600K and >900K CNV number probes
/
Chicken
600K
/
Bovine
Axiom Gemome-Wide BOS1 Array Plate
640K
/
Rice 水稻
GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array
44K
/
Buffalo 水牛
Axiom Buffalo Genotyping Array
90K
/
Trout 鲑鱼
Axiom
50K
/
Lettuce 莴苣
Tiling  Lettuce Tiling Array
/
/
Pepper 辣椒
Tiling Pepper (Capsicum) SNP Genotyping Array
/
/
Strawberry 草莓
Axiom Genome-Wide Strawberry Genotyping Array
90K
IStraw90 Axiom Array是由国际RosBREED SNP联盟和Affymetrix合作设计开发。
Rose 玫瑰
Axiom
63K
2013年第四季度开放
Wheat 小麦
Axiom
900K
2013年第四季度开放
Equine
Axiom
2M
2014年第一季度开放
Salmon/Landcatch
三文鱼(Landcatch)
Axiom
200K
2014年第一季度开放
Maize 玉米
Axiom
/
2014年第一季度开放

备注:

1、基于Axiom平台目录芯片最小起定量是96个样本。

2、以上所有物种芯片,如果有需要请联系我们的销售人员或技术支持进一步咨询。

技术电话:010-80727291;010-61777494

 

博奥生物为国内唯一一家拥有Titan 平台并能提供商业服务的公司,可根据客户要求提供全方位个性化SNP 定制服务。

定制SNP

SNP数据分析内容根据相应的实验设计有所不同,详细请参见链接:http://bioservices.capitalbio.com/swsxh/swxpgtlsjbs/index.shtml