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Agilent miRNA芯片检测

Agilent开发出独具特色的miRNA检测芯片,具有高特异性和高灵敏度的特点,能特异性地检测成熟体miRNA,并能有效区分序列高度相似的不同miRNA,可在多种类型样品中检测miRNA表达,并在国内外都得到了广泛的应用。

检测原理| 技术优势| 产品列表| 数据分析|

1. 针对Agilent miRNA芯片采用独特的茎环状探针设计;

 


2. miRNA成熟体3’端进行Cy荧光标记,这个新标记的C碱基将与探针序列中的G碱基杂交;

 


3. 探针形成的茎环结构起到了稳定杂交体,并限制miRNA前体杂交(A);

 


4. 通过缩短形式的探针设计,降低杂交体稳定性,使多个探针的退火温度趋向一致(B)。这种设计提高了杂交特异性和灵敏度。

 

 

  • 特异性高:通过特殊的探针设计有效区分miRNA成熟体和miRNA前体,并有效区分序列高度相似的不同miRNA;
  • 灵敏度高:直接用Total RNA 进行实验,无需miRNA分离过程,只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验;
  • 样品适用范围广:各种新鲜组织、冰冻组织、FFPE组织、脱落细胞等均可进行实验;
  • 动态范围广:检测丰度跨4个log,最高可达6个log。低至6000个拷贝的分子就可以检出;
  • 芯片更新迅速、定制方便:数据来源于Sanger 数据库最新版本;对于人、大鼠、小鼠之外的动物物种,可以方便的通过eArray进行定制。

针对物种

芯片设计ID

芯片格式

探针/基因数量

数据库版本

Human

70156

8 x 60K

2549 human miRNAs

Sanger miRBase (Release 21.0)

038166

8 x 60K

1887 human miRNAs121 virus miRNA

Sanger miRBase (Release 18.0)

小鼠 Mouse

70155

8 x 60K

1881 mouse miRNAs

Sanger miRBase (Release 21.0)

046065

8 x 60K

1,247 mouse miRNAs

Sanger miRBase (Release 19.0)

035430

8 x 60K

1136 mouse miRNA

Sanger miRBase (Release 17.0)

031266

8 x 15K

Sanger miRBase (Release 16.0)

大鼠 Rat

70154

8 x 60K

758 rat miRNAs

Sanger miRBase (Release 21.0)

046066

8 x 15K

719 rat miRNAs

Sanger miRBase (Release 19.0)

一、基本数据分析内容:

1、利用GeneSpring软件对探针进行背景校正、数据归一化等预处理;

2、差异分析:利用Genespring进行统计分析,根据统计检验P value结合差异倍数筛选组间差异miRNA,包括表达上调及表达下调的miRNA

3、提供对多个样本的miRNA数据进行聚类分析的结果。

4miRNA靶基因预测。人物种 miRNA 靶基因预测采用miRandamiRWalkTargetscan 10 款软件进行预测,

图片4

 

二、深层分析及多层次整合分析

1、标志物筛选: 根据样品的组织、类型、药物敏感性、预后等临床信息,利用miRNA芯片数据,使用KNNSVM等机器学习方法对数据进行预测模型的构建,并通过用各种交叉验证的方法评估模型的准确性,从海量的数据中找出一组合适的Biomarker,并建立最优模型,达到最好的分类预测效果,可用于早期诊断、疾病预测和预后分析等。 

2、mRNA表达数据与miRNA表达数据整合分析:分别研究两组在mRNA(gene)microRNA (miRNA)

水平的表达差异,然后对筛选的microRNA进行靶标预测(target prediction)以及靶标功能分析;并

通过基因表达和microRNA表达的负相关性关联,miRNA靶标预测数据取交集,构建microRNA-

target调控网络;挖掘microRNA-target调控网络的模块,分析模块功能。

3、miRNA-lncRNA共表达网络分析: 

利用miRcode数据库和DIANA LncBase数据库 建立miRNA-lncRNA共表达网络。 

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2、miRNA转录因子预测

利用Match转录因子预测工具进行预测,采用miRNA的转录起始位点上游2000bp到下游500bp区域与转录因子数据库中转录因子结合位点、方向进行分析

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