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订制捕获测序

目标序列捕获技术是将芯片杂交和第二代高通量测序完美结合的一种重测序技术。针对目标区域设计特异探针并将探针合成在固相或液相芯片上,然后通过芯片杂交的方式将基因组 DNA目标区域捕获(富集)下来,后续用高通量测序仪进行测序分析。这样的策略将大大降低 DNA测序的成本,使您将有限的精力和投入专注在您所感兴趣的区域。Roche NimbleGen的序列捕获芯片是开创性的技术,使得研究者能够在节省人力、时间、和费用的情况下,获得目标序列。该产品被评为 2008年度生命科学十大创新产品。研究者只需提供待测的基因组样品和候选基因区段列表(侯选区域可以是连续的基因组序列,也可以是成千上万的独立位点),我们即可完成从探针定制、杂交、测序到生物信息分析等的全套流程。 目标区域深度测序是指对感兴趣的特定基因组 DNA区域进行高通量测序。主要流程为首先针对感兴趣的基因组区域设计特异性的探针并制备捕获芯片。然后,将基因组 DNA文库与芯片杂交,富集目标区域。最后,对富集的DNA片段进行高通量测序。目标区域深度测序的主要优势在于可针对特定区域进行测序,有效的降低了测序成本,提高了测序深度,能够更为经济、有效、精确地发现特定区域遗传变异的信息。

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1)gDNA片段化,片段末端修复加接头,构建文库;

2)捕获前对文库进行 LM-PCR扩增;

3)将扩增后的样品与芯片进行杂交;

4)芯片清洗,去除未结合序列,然后将捕获序列洗脱下来;

5)对捕获后样品再次进行 LM-PCR扩增;

6)通过 qPCR估计目标区域的相对富集倍数,达到质控要求后即可进行测序前准备;

7)高通量测序分析。

  • 数据可靠:NimbleGen序列捕获芯片用内部质控探针来指示整个系统的运行情况,基于已知的独特基因组位点,计算富集倍数。
  • 高均一性、高覆盖率:对指定区域采用 advanced repeat masking方法设计探针,保证了很好均一性( uniformity)和覆盖率( coverage),可以有效捕捉到每个靶向序列,帮助用户对目标区域进行精确细致的分析,从而有效检测 SNP突变。
  • 高度灵活性:捕获序列可以是连续的基因组序列,或者是成千上万的独立位点或外显子序列;并且可对接多家二代测序平台。
  • 省时省力省成本:相比传统的 PCR,SeqCap技术消除了建立和优化数千个 PCR反应的繁琐步骤,更能同时并行的富集多个目标区域,极大地节约了时间和成本。

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产品名称

捕获区域

规格

数据库来源

SeqCap EZ Choice Library(液相定制)

100kb-7Mb连续或非连续的区域

12/24/48/96/384/960

UCSC HG18或HG19

SeqCap EZ Choice XL Library(液相定制)

7Mb-50Mb连续或非连续的区域

12/24/48/96/384/960

UCSC HG18或HG19

 

博奥生物为Roche NimbleGen SeqCap技术亚太地区唯一认证服务商,实验条件与实验质量均获得Roche NimbleGen公司和客户的高度认可。博奥生物具有完善的高通量技术平台和丰富的服务经验,可为测序数据的深入分析和验证提供强有力的支撑。例如:结合Sequenom iPLEX GOLD平台,可对候选SNP位点和部分indel位点进行扩大样本多重定量验证;结合3730测序平台,可对候选的indel位点进行扩大样本Sanger测序验证;结合NimblGen CGH芯片,可对候选区域CNV的变异情况进行扩大样本的研究;结合甲基化测序,可探索候选区域变异对表观遗传的影响。

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