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DNA 甲基化测序

DNA甲基化测序是表观遗传学研究的重要方法之一,博奥生物推出了基于抗体富集原理的 MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即利用5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的 DNA片段,然后通过高通量测序在全基因组水平上进行高精度地 CpG密集的高甲基化区域研究。该技术不受物种和基因组区域的限制,是全面且深入理解表观遗传调控的重要工具。

技术流程| 技术优势| 数据分析| 样品要求|

MeDIP-SeqMeDIP-Seq2

  • 精确度高:基因组位点定位精确性可达± 50bp。
  • 可靠性高:直接对甲基化片段进行测序和定量,无交叉反应和背景噪音。
  • 检测范围广:全基因组范围内甲基化区域研究。
  • 高性价比:通过抗体富集高甲基化区域进行测序,有效降低测序费用。
  • 原始数据产出统计
  • MeDIP-Seq序列与参考序列比对。
  • 统计 reads在全基因组的分布情况。
  • 统计 reads在CpG区域的分布情况。
  • 统计 reads在不同功能元件区域(Promoter,UTR,Exon,Intron)的分布情况。
  • 统计 reads在不同 GC含量区域中的分布情况。
  • 统计序列富集区域(peak)。
  • 统计与 peak相关的基因。
  • 统计 peak在不同功能元件区域(Promoter,UTR,Exon,Intron)的分布情况。
  • 多样本 peak差异分析及差异 peak相关基因注释、 GO分类和 pathway显著性富集分析。
  • 与表达谱进行关联分析,预测甲基化调控基因(需有表达谱数据)。
  • MeDIP-Seq数据可视化分析:生成 Genome Browser可以导入的文件。
  • 样品类型:细胞、新鲜组织或DNA样品。
  • 样品量:细胞样品请提供至少2×107个细胞,组织样品请提供至少100mg的组织块或切片,DNA样品请提供10 μg以上的DNA。
  • 样品质量:基因组DNA无明显降解,主带清晰,大于23Kb,无明显弥散。OD260/280值在1.8~2.0之间,浓度 ≥ 500 ng/μl。
  • 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可液氮冻存后,-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
  • 样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。