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罗氏NimbleGen mRNA表达谱芯片检测

罗氏NimbleGen表达谱芯片集长探针、高密度、设计灵活为一体,为客户提供高灵敏度、高准确率、高重复性的全基因组基因表达分析。罗氏NimbleGen表达谱芯片具有丰富的芯片产品线,现有针对多个真核生物物种的全基因组表达谱芯片,在微生物物种的检测方面,更具有230多种微生物表达谱芯片,是目前微生物芯片产品线最完善的分析平台。

实验流程| 技术优势| 产品列表|

 

  • 高密度,对每个转录本有更高的探针覆盖率:超高密度使每个基因可通过多个独立的探针得到结果,与每个基因对应较少探针的平台相比,多个探针的平均信号值增加了统计的可靠性,降低了探针表现不稳定带来的影响,增加了信号的准确性。
  • 长探针,更高的准确性:对于基因表达分析,特别是复杂的真核基因组,长寡核苷酸(45-60mer)可以提供更好的信噪比、灵敏度、特异性和辨别力。长探针消减了对错配探针的要求,意味着成功获得高稳定的试验结果只需相对少量的探针,从而有效地增加芯片的容量。
  • 设计灵活:有多种芯片格式,在同一张芯片上可以对多个样品同时进行分析;生产过程的快速灵活使得可以实现及时跟踪最新数据库信息并实时更新探针设计及注释,以确保您的试验处于科研最前沿。
  • 芯片种类丰富,定制灵活:可提供11种真核生物芯片以及230余种原核生物芯片,除此以外,对于已知序列的物种,可以灵活定制。

此外,罗氏NimbleGen基因表达谱芯片的高质量已经通过MAQC参考样本(Universal Human Reference RNA [Stratagene]和Human Brain Reference RNA [Ambion]) 在385K、4x72K和12x135K三种格式的高密度芯片上得到了验证。芯片结果与COBAS? TaqMan?定量PCR分析比较的结果即与其他商业芯片的结果比较见下表。

图片1

动物表达谱芯片列表

物种
芯片格式
产品目录号
探针数目
/基因
探针长度
(bp)
探针重复
基因数目
数据库来源
线虫
(Caenorhabditis elegans)
12x135K
05543754001
6
60
1
23,187
Wormbase, 190
385k
A4354001-00-01
8
60
2
23,989
Wormbase ,160
4x72K
A4510001-00-01
3
60
1
23,336
Wormbase ,160
果蝇
(Drosophila melanogaster)
12x135K
05543762001
8
60
1
16,637
Flybase, DM5.7
385k
A4351001-00-01
12
60
2
15,634
Flybase, DM4.3
4x72K
A4509001-00-01
4
60
1
15,473
Flybase, DM4.3
(Human)
12x135K
05543789001
3
60
1
44,049
NCBI HG18, Build 36
385k
A4542-00-01
8
60
1
47,633
NCBI HG18, Build 36
4x72K
A4487001-00-01
3
60
1
24,000
NCBI HG18, Build 36
小鼠
(Mouse)
12x135K
05543797001
3
60
1
44,170
NCBI , MM9
385k
A4543-00-01
9
60
1
42,586
NCBI , MM8
4x72K
A4486001-00-01
3
60
1
18,869
NCBI , MM8
大鼠
(Rat)
12x135K
05543827001
5
60
1
26,419
EnsemblRGSC 3.4
385k
A6184-00-01
14
60
1
26,739
Ensembl, RGSC 3.4
4x72K
A6185-00-01
3
60
1
26,208
Ensembl, RGSC 3.4
斑马鱼
(Zebrafish)
12x135K
05543851001
3
60
1
38,489
Ensembl and UCSC, Zv7
385k v2
05543916001
12
60
1
38,489
Ensembl and UCSC, Zv7
4x72K
A7141-00-01
12
60
1
37,157
Ensembl and UCSC, Zv7

植物表达谱芯片列表 

物种
芯片格式
产品目录号
探针数目
/基因
探针长度
(bp)
探针重复
基因
数目
数据库来源
拟南芥
(Arabidopsis thaliana)
12x135K
05543746001
4
60
1
39,042
TAIR, 9.0
385k
A4352001-00-01
6
60
2
30,387
TAIR, 6.0
4x72K
A4511001-00-01
2
60
1
30,361
TAIR , 6.0
杨树
(Populus)
12x135K
05543819001
3
60
1
48,276
N/A
385k
05543908001
7
60
1
52,225
N/A

微生物表达谱芯片列表 共有230余种,详见:http://www.nimblegen.com/products/expression/index.html

物种
芯片格式
产品目录号
探针数目
/基因
探针长度
(bp)
探针重复
基因数目
数据库来源
酿酒酵母酵母(Saccharomyces cerevisiae)
12x135K
05543835001
8
60
3
5,777
NCBI, June 2008
385k
A4345001-00-01
20
60
3
5,868
NCBI, October 2003
4x72K
A6186-00-02
6
60
2
5,849
NCBI, June 2008
粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)
12x135K
05543843001
9
60
3
4,942
NCBI, June 2008
385k
A4346001-00-01
19
60
4
5,040
NCBI, June 2005
4x72K
A6187-00-02
7
60
2
4,977
NCBI, June 2008