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罗氏NimbleGen aCGH芯片检测

罗氏 NimbleGen CGH产品是拷贝数变异研究领域中非常完善的平台,既可以针对多个物种的全基因组进行DNA拷贝数变异检测,也可以针对某个染色体进行检测,2012年又推出了cytogenetics芯片。另外,还可以针对客户感兴趣的染色体或基因组区域灵活定制芯片来检测拷贝数的变化。罗氏 NimbleGen根据人类基因组序列信息设计的 4.2M超高密度的CGH芯片,是目前为止分辨率最高的CGH芯片,采用一张芯片就可以在1.1kb分辨率下完成全基因组检测,可有效检测人基因组中约 5kb大小的拷贝数变异。此外,罗氏 NimbleGen针对多个物种都推出了很多格式的CGH芯片,包括:4.2M、2.1M、3x1.4M、3x720K、6x630K 、12x270K、12x135K、385K、4x72K,从而满足广大研究者的需求。

实验流程| 技术优势| 主要产品列表|

1、样品制备, 准备1-5μg 高质量未扩增的reference和test gDNA(浓度在250ng/μl-1,000ng/μl之间);

2、用Klenow酶对样品进行标记,test样品标记cy3,reference样品标记cy5;

3、芯片杂交,混合标记好的test和reference样品,变性,共杂交到CGH芯片上;

4、芯片清洗及扫描;

5、数据分析,使用NimbleScan软件提取数据,数据预处理,确定拷贝数的缺失或扩增;

6、提交结果报告, 常规内容包括芯片原始数据、拷贝数发生变化的染色体区段(定位、倍数、相关基因信息)以及多组样品的共性区域分析。

  • 高密度及高分辨率:一张罗氏NimbleGen CGH芯片拥有多达4.2 M条探针,可以在基因组中检测到低至约1Kb大小(人基因组)的拷贝数变异,能以外显子水平的分辨率对目标区域进行分析,可以发现更细微的拷贝数变异。
  • 全面的CNV检测:无偏的芯片设计,基因内和基因间的区域都有相应的探针覆盖,同时还增加基因组低拷贝重复区段的探针覆盖率,从而获取完整的基因组分析。
  • 增加通量,减少费用:利用 NimbleGen3x1.4M、3x720K、6x630K 、12x270K、12x135K等格式的芯片可在一张芯片上对多个样本同时进行分析,实现了对全基因组或目标位点的高通量、低成本的分析。
  • 定制灵活性强:可以根据客户提供的序列或数据库来设计探针,采用4.2M、2.1M、3x1.4M、3x720K、6x630K 、12x270K、12x135K、385K和4x72K多种芯片格式进行全基因组、单个或多个染色体区域的检测,从而为客户的多样化研究提供方便。

仅列出主要产品列表,如需更多了解,请进入:http://www.nimblegen.com/products/cgh/index.html

 

物种
芯片名称与格式
产品编号
探针长度
平均探针间距(中位值)
数据库版本
Human CGH 4.2M
Whole-Genome Tiling Array
05862892001
50-75mer
284bp
UCSCHG19, NCBI 37
Human CGH 3×1.4M
Whole-Genome Tiling Array
05862906001
50-75mer
941bp
UCSCHG19, NCBI 37
Human CGH 6×630K
Whole-Genome Tiling Array
06527477001
50-75mer
2,269bp
UCSCHG19, NCBI 37
Human CGH 12×270K Whole-Genome Tiling Array
06527507001
50-75mer
5,696bp
UCSCHG19, NCBI 37
05541921001
60mer
1169bp
UCSC HG18, NCBI 36
05520797001
60mer
2509bp
UCSC HG18, NCBI 36
Human CGH 12x135K Whole-Genome Tiling v3.0 Array
05520878001
60mer
12524bp
UCSC HG18, NCBI 36
Human CGH 3x720K Whole-Genome Exon-Focused Array
05542073001
50-75mer
Variable
UCSC HG18, NCBI 36
06527434001
50-75mer
Variable
UCSC HG19, NCBI 37
 
 
 
 
 
Human CGH 3-plex ISCA Plus Array( 3x1.4M)NEW!
06527426001
Number of CGH Markers:~500,000Number of SNPs:64,000CNV Resolution (Average) :15 - 20 KbLOH/UPD Resolution:> 5 Mb
UCSC HG19, NCBI 37
Human CNV 2.1M v1.0 Array
05913152001
50-75mer
1239bp
UCSC HG18, NCBI 36
Human CNV 3x720K v1.0 Array
05913209001
50-75mer
4750bp
UCSC HG18, NCBI 36
小鼠
mouse CGH 3x720K Whole-Genome Tiling Array
05542081001
50-75mer
3537bp
UCSC MM9
mouse CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
05542251001
50-75mer
5782bp
UCSC MM8, NCBI 36
大鼠
Rat CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B2432001-00-01
50-75mer
5303bp
Ensembl RGSC 3.4, Ensembl July, 2005
恒河猴
Rhesus Monkey CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B4500001-00-01
50-75mer
6476bp
rheMac2
斑马鱼
Zebrafish CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B6057-00-01
50-75mer
3525bp
UCSC danRer4
线虫
C. elegans CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B2144001-00-01
50-75mer
137bp
UCSC CE2, WS120
果蝇
D. melanogaster CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B2440001-00-01
50-75mer
308bp
UCSC DM2, April 2004
酿酒酵母
S. cerevisiae CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B2436001-00-01
50-75mer
12bp
UCSC Oct 2003
粟酒裂殖酵母
S. pombe CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B2441001-00-01
50-75mer
8bp
NCBI Jun 2005
Chicken CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B3791001-00-01
50-75mer
2586bp
UCSC galGal3
Cow CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B4491001-00-01
50-75mer
5779bp
Bovine Genome Project Btau3.1
Dog CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B3679001-00-01
50-75mer
4675bp
NCBI canFam2, May 2005
恶性疟原虫3D7
P. falciparum CGH 385K Whole-Genome Tiling Array
B2028001-00-01
50-75mer
48bp
NCBI Dec 2004