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罗氏NimbleGen序列捕获测序(SeqCap)

目标序列捕获技术是将芯片杂交和第二代高通量测序完美结合的一种重测序技术。针对目标区域设计特异探针并将探针合成在固相或液相芯片上,然后通过芯片杂交的方式将基因组DNA目标区域捕获下来,后续用高通量测序仪Solexa/SOLID/454进行测序分析。这样的策略将大大降低DNA 测序的成本,使您将有限的精力和投入专注在您所感兴趣的区域。 罗氏NimbleGen的序列捕获芯片是开创性的技术,使得研究者能够在节省人力、时间、和费用的情况下,获得目标序列。该产品被评为2008年度生命科学十大创新产品。研究者只需提供待测的基因组样品和候选基因区段列表(侯选区域可以是连续的基因组序列,也可以是成千上万的独立位点),我们即可完成从探针定制、杂交、测序到生物信息分析等的全套流程。

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nb-seq

1、gDNA片段化,片段末端修复加接头,构建文库;
2、捕获前对文库进行LM-PCR扩增;
3、将扩增后的样品与芯片进行杂交;
4、芯片清洗,去除未结合序列,然后将捕获序列洗脱下来;
5、对捕获后样品再次进行LM-PCR扩增;
6、通过qPCR估计目标区域的相对富集倍数,达到质控要求后即可进行测序前准备;
7、高通量测序分析。

  • 数据可靠:NimbleGen序列捕获芯片用内部质控探针来指示整个系统的运行情况,基于已知的独特基因组位点,计算富集倍数。
  • 高均一性、高覆盖率: 对指定区域采用advanced repeat masking方法设计探针,保证了很好均一性 (uniformity)和覆盖率(coverage),可以有效捕捉到每个靶向序列,帮助用户对目标区域进行精确细致的分析,从而有效检测SNP突变。
  • 高度灵活性: 捕获序列可以是连续的基因组序列,或者是成千上万的独立位点或外显子序列;并且可对接多家二代测序平台。
  • 省时省力省成本: 相比传统的PCR,SeqCap技术消除了建立和优化数千个PCR反应的繁琐步骤,更能同时并行的富集多个目标区域,极大地节约了时间和成本。
图1 NimbleGen采用高密度叠加探针设计方案,保证高效的捕获结果。
图1 NimbleGen采用高密度叠加探针设计方案,保证高效的捕获结果
 

 

表1 目标外显子能被高效的捕获,而且超过95%的所有已知SNP位点都能够被通过约3G通量的测序检测到。而要检测到表中的SNP,全基因组测序需要测到90G的数据通量,两者相比,序列捕获加测序的方式意味着减少了30倍的测序量

 

产品名称
捕获区域
规格
数据库来源
SeqCap EZ Human Exome Library v3.0(液相)
Coding Exons and miRNA exons,可捕获含miRNA的约30万个外显子,探针覆盖区域共64Mb
4/48
UCSCHG19
SeqCap EZ Choice Library(液相定制)
100kb-7Mb连续或非连续的区域
12/24/48/96/384/960
UCSC HG18HG19
SeqCap EZ Choice XL Library(液相定制)
7Mb-50Mb连续或非连续的区域
12/24/48/96/384/960
UCSC HG18HG19

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