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罗氏NimbleGen ChIP-chip芯片检测

罗氏NimbleGen设计的多种高分辨率基因芯片(chip)与染色质免疫沉淀技术(ChIP)相结合,为研究目的蛋白与整个基因组相互作用提供了可能,广泛应用于转录因子在整个基因组中的结合位点和其他DNA结合蛋白或蛋白复合体的DNA结合位点、组蛋白修饰功能、DNA修饰功能等研究。

实验流程| 技术优势| 主要产品列表|

 

nb-chip-chip

 

1、样本交联和片段化,将DNA结合蛋白与DNA进行固定,形成蛋白:DNA复合物,然后超声片段化,一部分片段化后的染色质样品预留为对照Input样品,另一部分进行免疫共沉淀(称为IP样品);

2、免疫共沉淀,用特异抗体与蛋白:DNA复合物进行免疫共沉淀;

3、磁珠富集抗体:蛋白:DNA复合物,再洗脱;

4、用蛋白酶K消化抗体:蛋白:DNA复合物(IP)以及蛋白:DNA复合物(Input),解交联后分离DNA片段,并进行纯化;

5、取等量IP和Input样品进行WGA扩增,并对扩增产物进行纯化;

6、用Klenow酶进行标记(IP标记cy5+Input标记cy3),并纯化定量;

7、芯片杂交,将标记好的IP样品和Input样品杂交到同一个点阵上;

8、芯片清洗及扫描;

9、图像采集及数据分析,利用IP/Input计算并确定peak,有显著意义的peak即为目标蛋白结合区域;

10、提交结果报告,常规内容包括芯片原始数据、目标蛋白结合位置以及基因注释。

  • 高密度探针,高分辨率检测:利用多达210万探针以高分辨率叠瓦式覆盖全基因组或特定染色体(标准的100bp间距),精确绘制基因组范围内蛋白质结合位点,组蛋白修饰位点或染色质结构变化。对于某些模式生物,一张2.1M芯片可以更高密度覆盖全部的基因组,例如果蝇(D. melanogaster) 55bp探针间隔;线虫(C. elegans) 40bp探针间隔。还可以根据客户需要自定义芯片设计,以更高分辨率实现基因组覆盖。
  • 多样化的芯片设计:覆盖人,小鼠,大鼠,狗,线虫、酵母,果蝇,大肠杆菌和部分植物的全基因组芯片;针对人和小鼠生物学上重要的基因组区域,提供针对启动子和/或CpG岛的ChIP-chip芯片;或者根据客户设计的探针来定制芯片。
  • 图形化的展示方式:便于直观的发现和展示目标蛋白结合区域。

仅列出主要产品列表,如需更多了解,请进入:http://www.nimblegen.com/products/chip/index.html  

物种
芯片格式
产品目录号
探针长度
(bp)
启动子/
CpG岛数目
探针覆盖范围
(启动子上游-下游)
探针间距
(中位值)
数据库来源及版本
Arabidopsis thaliana
拟南芥
385kWhole Genome 3 Array Set
05224209001
50
 
 
90
NCBI TAIR6.0
385K Two-Array Set
05224110001
50-75
 
3000-750
102
NCBI TAIR6.0
385K Minimal Promoter
C4499001-00-01
50--75
 
1200-300
102
NCBI TAIR6.0
Caenorhabditis elegans
线虫
2.1M
05542316001
50-75
 
 
40
UCSC CE180
385k3 Array Set
05224225001
50
 
 
86
UCSC CE2
Drosophila melanogaster
果蝇
2.1M
05542308001
50-75
 
 
55
UCSC DM5
385k3 Array Set
05224268001
50
 
 
97
UCSC DM2
Escherichia coli
大肠杆菌
385k
05542901001
50
 
 
24
RefSeq NC_000913.1
Human
2.1M10 Array Set
05327768001
50-75
 
 
100
UCSC HG18
2.1M Economy
4 Array Set
05327890001
50-75
 
 
205
UCSC HG18
2.1M Deluxe Promoter
05542324001
50-75
28226CpG岛,含457miRNA
7250-3250
--
UCSC HG18
3x720K RefSeq Promoter
05924405001
50-75
22542个启动子
3200-800
 
UCSC HG18
Mouse
小鼠
2.1M10 Array Set
05327903001
50-75
 
 
100
UCSC MM8
2.1M Economy4 Array Set
05327911001
50-75
 
 
203
UCSC MM8
2.1M Deluxe Promoter
05542332001
50-75
15963CpG岛,含249miRNA
8200-3000
 
UCSC MM8
3x720K RefSeq Promoter
05924413001
 
20404个启动子
3200-800
 
 
Rat
大鼠
2.1M10 Array Set
05327920001
50-75
 
 
100
UCSC RN34
3x720K RefSeq Promoter
 
50-75
15287个启动子
4280-1070
 
UCSC RN34
Saccharomyces cerevisiae
酿酒酵母
385k
05542898001
50
 
 
32
UCSC sacCer1
Dog
385K
C3077-00-01
50
Tiles All ENCODE Regions
 
45
UCSC CF2