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罗氏NimbleGen DNA甲基化芯片检测

基因组DNA甲基化修饰是目前表观遗传学研究的重点内容。罗氏NimbleGen提供全基因组甲基化检测芯片、启动子区甲基化芯片和定制的甲基化芯片。在检测上采用甲基化DNA免疫沉淀方法(Methylated DNA Immunoprecipitation, MeDIP),即使用甲基化胞嘧啶特异的抗体对甲基化DNA进行富集后,进行标记和杂交。罗氏NimbleGen丰富而多样化的产品为基础生物学以及肿瘤和其他疾病的表观遗传学机制研究,直至寻找大规模的甲基化表观遗传学标志物提供了高效的技术平台。

实验流程| 技术优势| 主要产品列表|

 

1、从细胞或组织中提取高质量的基因组DNA,定量并质检;

2、基因组DNA用MseI酶切消化,并对酶切产物进行纯化,电泳质检,一部分酶切后的DNA样品预留为对照Input样品,另一部分进行免疫共沉淀(称为IP样品);;

3、甲基化胞嘧啶抗体与DNA样品进行孵育;

4、磁珠富集抗体:DNA复合物;

5、蛋白酶K消化DNA:抗体:磁珠复合物,分离DNA片段,并进行纯化;

6、取等量IP和Input样品进行WGA扩增,并对扩增产物进行纯化;

7、用Klenow酶进行标记(IP标记cy5+Input标记cy3),并纯化定量;

8、芯片杂交,将标记好的IP样品和Input样品杂交到同一个点阵上;

9、芯片清洗及扫描;

10、图像采集及数据分析,利用IP/Input计算并确定peak,有显著意义的peak即为DNA甲基化区域;

11、提交结果报告,常规内容包括芯片原始数据、单个样品的甲基化peak位置及基因注释、样品之间差异甲基化peak位置及基因注释。

  • 高密度探针,高分辨率检测:利用多达2百余万个探针以高分辨率叠片式设计覆盖全基因组,2.1M Whole-Genome Tiling Sets只用10张芯片就可以100bp的间隔(或者4张芯片以200bp左右的间隔)覆盖全部无重复的基因组信息,目前人、大鼠和小鼠三个物种有这款设计;2.1M Deluxe Promoter Arrays 芯片覆盖已知启动子范围超过10kb,同时还覆盖了已有注释的miRNA启动子区,可用于miRNA 的DNA甲基化研究,目前人和小鼠两个物种有这款设计。
  • 高灵敏度和高特异性:通结合严谨的杂交实验方案,利用等温( Tm=76℃)长寡核苷酸探针( 50-75mer),具有无以伦比的高灵敏度和特异性;使用双色实验方案,对杂交在一张芯片的免疫沉淀样本和对照样本同时进行分析,可消除不同芯片的片间差异;甲基化芯片能够检测出在500bp片段内2个甲基化 CpGs。
  • 全方位芯片设计:可选择全基因组、启动子和 CpG岛设计或定制芯片设计,NimbleGen芯片技术固有的灵活性可叠片式覆盖大部分基因组Mse/酶切结构。
  • 图形化的展示方式:容易直观的发现样品甲基化区域以及样品间差异甲基化区域。

 

仅列出主要产品列表,如需更多了解,请进入:http://www.nimblegen.com/products/methylation/index.html

物种
芯片名称与格式
产品目录号
探针长度(bp)
启动子/CpG岛数目
探针覆盖范围(启动子上游-下游)
平均探针间距(median)
数据库来源
Human 
2.1MWhole Genome, 10 Array Set
5463114001
50-75
--
--
100
UCSC HG18
2.1M EconomyWhole Genome, 4 Array Set
5463122001
50-75
--
--
205
UCSC HG18
Human DNA Methylation 2.1M Deluxe Promoter v2 Array
06532969001
50-75
27867CpG岛;
730miRNA启动子(-15kb to mature miRNA)
8000-3000
100
UCSC HG19
3x720K, Multiplex CpG Island Plus RefSeq Promoter Array
5924529001
50-75
22532个启动子
2440-610
104
UCSC HG18
27728CpG
小鼠
Mouse
2.1MWhole Genome, 10 Array Set
5463149001
50-75
--
--
100
UCSC MM9
2.1M EconomyWhole Genome, 4 Array Set
5463157001
50-75
--
--
255
UCSC MM9
Mouse DNA Methylation 2.1M Deluxe Promoter v2 Array
06532977001
50-75
15969CpG岛,599 miRNA启动子
(-15kb to mature miRNA)
8000-3000
100
UCSC MM9
3x720K, Multiplex CpG Island Plus RefSeq Promoter Array
5924537001
50-75
15980CpG
2960-740
--
UCSC MM9
20,404个启动子
大鼠
Rat
2.1MWhole Genome, 10 Array Set
5463165001
50-75
--
--
100
UCSCRN34
2.1M EconomyWhole Genome, 4 Array Set
5391610001
50-75
--
--
250
UCSC RN34
3x720K, Multiplex CpG Island Plus RefSeq Promoter Array
5924545001
50-75
15287个启动子
3880-970
100
UCSCRN34
拟南芥
Arabidopsis thaliana
385kWhole Genome, 3 Array Set
5224535001
50
 
 
90
NCBI TAIR6.0
385K Two-Array Set
5224438001
50-75
 
3000-750
102
NCBI TAIR6.0
Minimum Promoter Array Design
C4499001-00-01
50-75
 
1200-300
102
NCBI TAIR6.0
Dog
385K Dog ENCODE CF2
C3077-00-01
50
Tiles All ENCODE Regions
 
45
UCSC CF2