生物信息学

SNP数据与基因表达数据,DNA甲基化数据的整合分析

1. eQTL和methQTL关联分析定位

采用关联分析方法,分别针对SNP-mRNA、SNP-miRNA、SNP-lncRNA和SNP-DNA methylation数据,在全基因组水平上挖掘与基因表达或DNA甲基化相关的遗传变异(eQTL或methQTL)。

 

eQTL关联分析定位曼哈顿图

eQTL关联分析定位曼哈顿图(引自:殷冬梅等,Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology,2012 

2. cis-eQTL(methQTL)与trans-eQTL(methQTL)分析

根据eQTL(methQTL)与基因的位置关系,定义cis-eQTL(methQTL)和trans-eQTL(methQTL),并给出cis调控和trans调控基因。

eQTL与表达谱探针的物理位置分布图

eQTL与表达谱探针的物理位置分布图(引自:Holloway B et al。 (BMC Genomics ,2011) )