生物信息学

mRNA表达数据与lncRNA表达数据整合分析

1、lncRNA-mRNA共表达网络分析

首先用差异表达的lncRNA和差异表达的mRNA进行组合并计算相关系数,然后筛选显著相关的lncRNA-mRNA对。最后采用软件对显著相关的lncRNA和mRNA进行画图。

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相关网络图。其中黄色的圆代表lncRNA,绿色的圆代表mRNA,圆的大小代表该基因在网络中的度(邻居个数),红线表示正相关关系,蓝线表示负相关关系。 

2、lncRNA靶基因预测,根据基因组位置或序列对靶基因进行cis-预测和trans-预测。

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lncRNA靶基因预测结果

3、lncRNA的转录因子预测

首先找出lncRNA的转录因子结合区域,并根据转录因子与结合区域的序列匹配来预测lncRNA可能的转录因子。

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lncRNA转录因子分析结果