生物信息学

miRNA和mRNA表达谱的整合分析

大多数miRNA可以通过与靶基因3'UTR区互补结合,抑制靶基因翻译成蛋白质,进而在细胞、组织甚至个体水平上影响生物体的生长发育,并参与多种疾病的发生发展。博奥生物通过整合miRNA数据及mRNA数据,建立二者的调控关系,构建共表达网络,并对miRNA进行靶基因预测。对于人、大鼠和小鼠的miRNA靶基因预测,我们整合了9款miRNA靶基因预测的常用方法,包括miRWalk、Targetscan、miRanda、RNAhybrid、miRDB、PICTAR4、PICTAR5、 PITA、RNA22。对于其他物种,可以使用miRanda方法进行靶基因预测。

图片36

显著的miRNA与mRNA调控关系图片34基于共表达基础上建立的靶基因预测结果

用GenMiR++构建的Let-7b及其靶基因的网络图

用GenMiR++构建的Let-7b及其靶基因的网络图(引自: Huang JC et al。 Nat Methods,2007