生物信息学

甲基化芯片数据分析

1、将扫描得到的原始数据,使用GenomeStudio软件,根据illumina 官方Methylation Analysis Algorithms 生成含有每个样品每个位点的甲基化水平Beta值。

2、对不同荧光、探针类型引起的偏差校正及归一化、位点过滤,给出每个样品过滤后位点的甲基化水平。

图片3                                          不同荧光校正前                                                            不同荧光校正后

3、差异甲基化分析。根据相应的实验设计,选择进行配对或者非配对的甲基化分析,筛选差异甲基化位点,包括高甲基化位点和低甲基位点。

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差异甲基化位点

可分别给出基因promoter区域甲基化水平,CpG岛区域甲基化水平,miRNA启动子区甲基化水平,包括在基因水平上位点变化水平一致和不一致的位点统计。

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基因启动子区域上位点变化水平一致的结果示意

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基因启动子区域位点变化水平不一致的结果示意

4、给出差异甲基化位点分布图。

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差异甲基化位点分布图

5、对多个样本进行聚类分析,包括差异位点和差异启动子区的聚类图。

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差异位点聚类图