生物信息学Biological

动植物遗传连锁分析

博奥生物根据目前国内外以高密度SNP标记为基础在高分辨率遗传图谱构建、QTL定位、重组事件分析、eQTL连锁分析定位等领域的发展趋势,推出动植物领域遗传连锁分析相关服务,主要服务内容有:

1 全基因组芯片检测及定制服务(illumina iScan、Affymetrix):包括根据客户提供的数据库信息进行Tag SNP筛选、SNP位点注释、SNP位点评估及探针设计等。

2 作图群体构建等的试验设计咨询

3 数据产出与SNP分型

4 数据质控 
样本质控:基于样本call rate对样本进行质控,检验样本性别、是否存在重复样本,样本间的亲缘关系是否正确。
SNP质控:通过相关分型聚类指标、SNP call rate、最小等位基因频率(MAF)、Hardy-Weinberg 平衡(HWE)检验、非孟德尔遗传错误等指标对SNP进行筛选。
5 高分辨率遗传图谱构建:利用全基因组SNP标记构建的高分辨率遗传图谱在QTL精细定位、基因组组装、重组热点区域DNA序列分析、分子标记辅助育种等方面均具有指导作用。

某物种基于高密度SNP标记的遗传图谱

某物种基于高密度SNP标记的遗传图谱

6 重组率图谱构建及重组热点分析

某物种染色体1和3的重组率图谱

某物种染色体1和3的重组率图谱,横坐标为物理图谱长度,纵坐标为平均重组率,红、蓝线分别代表两个群体的重组率数据 [1]

7 连锁分析:挑选SNP标记,根据试验设计、研究性状的类型(数量性状或质量性状)以及是否存在其它需校正效应,选用合适的模型定位影响性状的QTL。

全基因组连锁分析结果图表明4号染色体上存在一个QTL,横坐标为染色体号,纵坐标为LOD值

全基因组连锁分析结果图表明4号染色体上存在一个QTL,横坐标为染色体号,纵坐标为LOD值 

8 eQTL连锁定位:整合高通量基因分型和基因表达谱数据,结合系谱信息,以mRNA或miRNA表达水平为数量性状, 定位控制基因表达变异的调控区域,进而建立相关的基因调控网络。

参考文献

Elferink M.G. et al. Regional differences in recombination hotspots between two chicken populations. BMC genetics, 2010, 11: 11.