全基因组连锁分析(Genome-wide linkage analysis)是基于一个或多个家系的样本，通过不同遗传模型，在全基因组水平上来寻找与家族聚集性疾病（或性状）连锁区域的一种分析方法。博奥生物提供的全基因组连锁分析服务主要包括：

1）研究设计相关的咨询服务；

2) 基因分型：基于cel文件或idat文件的分型；

3）样品质控：基于SNP分型数据，根据样品的callRate、分型一致率等对样品进行质量控制，检验样本性别及样本间亲缘关系是否正确等；

4）SNP位点质控：通过相关分型聚类指标、call rate、最小等位基因频率（MAF）、Hardy-Weinberg 平衡（HWE）检验、非孟德尔遗传错误等指标对SNP进行筛选。

5）连锁分析：根据疾病遗传模式，选择合适的遗传模型，进行多点参数和非参连锁分析；

参数连锁分析结果，横坐标为染色体物理位置，纵坐标为HLOD值。图中显示2号染色体上存在一个连锁区域。

6) 显著位点的注释：用MAS软件对显著位点进行功能注释；

7) 此外，还提供基于候选区域的单点和多点连锁分析服务。

8) eQTL连锁定位：整合全基因组基因分型和基因表达谱数据，结合系谱信息，以mRNA或miRNA表达水平为数量性状， 定位控制基因表达变异的调控区域，进而建立相关的基因调控网络。