转录组学Transcriptome

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博奥晶芯
22K Human Genome Array
共有21,52270 mer长度的Oligo DNA,每条Oligo DNA代表了人的一个基因转录本:其中21,329Oligo DNA是来自于Operon公司的Human Genome Oligo Set Version 2.1,关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com,其余193Oligo DNA为我公司合成。
35k human Genome Array
共有35,03570 mer长度的Oligo DNA,来自于Operon公司的人全基因组Oligo库,human_V4.0,共代表了约25,100个基因,39,600个转录本。关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array
此款芯片包含了47,000个转录本,代表了38,500个明晰的人类基因。数据库来源于GeneBankdbESTRefSeqThe sequence clusters UniGene database(Build 159 January 25 2003)创建,并通过Washington University EST trace repositoryCalifornia大学、Santa Cruz Golden-Path人类基因组数据库(April 2001 release)分析比对。此外,有9,921probe sets代表6,500个新基因,这些基因序列来源于GenBank, dbEST, and RefSeqSequence clusters UniGene database (Build 159, January 25, 2003)创建,并通过Washington大学EST trace repository NCBI human genome assembly(Build 31) 分析比对。
Human Transcriptome Array 2.0 NEW
HTA2.0是目前分辨率最高的表达谱芯片,这一高分辨率芯片包含了超过六七百万的不同探针,完整全面覆盖了编码转录本约245,000个和非编码转录本约40,000个,还有339,000个探针组覆盖exon-exon junctions。可检测已知的转录本及可变剪接。整合了多个公共数据库,包括RefSeq, UCSC, Vega, GENCODES,MGC, lincRNAs TUCPs, lincRNAdb, UCSC lincRNA, noncode.org 等,保证了HTA2.0 涵盖的探针信息更完整,因而更利于全面地研究人类疾病。
Human Gene 2.0 ST Array / 2.1 ST Array Strip
该表达谱芯片覆盖约30,000个编码转录本和11,000lincRNA。平均每个转录本有21个探针。
PrimeView™ Human Gene Expression Array
基于UniGene 219RefSeq 36版本设计探针,包含530,000个探针可以检测20,000多个注释完好功能明确基因的36,000多个转录本,每个转录本采用9-11个探针进行检测。相对于偏重于功能注释完善的基因。
Almac Xcel™ Array NEW
专门针对福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本设计及优化,针对97,000多个转录本的探针组,70%内容与GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0芯片的内容相同。还有8%是未包含的经过验证的RefSeq更新信息,其余22%来自高质量的Almac 公司内部测序数据和验证过滤后的公开数据。
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Agilent
SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K
安捷伦基于G3平台最新设计的人类表达谱芯片,将编码和非编码 RNA 整合在单张芯片上。除检测27,958Entrez Gene RNAs外,还涵盖了7,419lincRNA(长链基因间非编码 RNA)。该芯片可同时检测蛋白编码RNA和非编码lincRNA的表达量变化。通过分析二者之间的相互关系,有助于预测lincRNA生物学功能。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 36.3Ensemble Release 52Unigene Build 216GenBank (April 2009)lincRNA探针是AgilentJohn Rinn 实验室(麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所)共同设计的。
Whole Human Genome Oligo Microarray4×44K
该芯片检测27,958Entrez Gene RNAs。设计该产品所用的序列信息源于对 RefSeqGoldenpathEnsemblUnigene 等知名数据库的深入研究,并与人类基因组拼接进行比对。绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。
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NimbleGen
Human Expr 12x135K Arr Del
该芯片可检测44,049个基因,数据库来源于NCBI HG18, Build 36

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博奥晶芯
32k Mouse Genome Array
共有约32,25670 mer长度的Oligo DNA,来自于Operon公司的小鼠全基因组Oligo库,Mouse Genome Version 4.0,关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
GeneChip Mouse Genome 430 2.0 Array
Affymetrix 小鼠(拉丁文:Mus musculus)基因组430 2.0芯片涵盖了39,000个转录本,代表34,000个的小鼠基因。序列信息基于GeneBankdbESTRefSeqThe sequence clusters UniGene database (Build 107, June 2002)创建,并通过了Whitehead Institute for Genome Research (MGSC, April 2002)小鼠基因组进行了分析比较。
Mouse Gene 2.0 ST Array / 2.1 ST Array Strip
该表达谱芯片覆盖约35,000个编码和非编码转录本和2,000lincRNA。平均每个转录本有22个探针。
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Agilent
SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K
安捷伦基于G3平台最新设计的小鼠表达谱芯片,将编码和非编码 RNA 整合在单张芯片上。除检测39,430 Entrez Gene RNAs外,还涵盖了16,251lincRNA(长链基因间非编码 RNA)。该芯片可同时检测蛋白编码RNA和非编码lincRNA的表达量变化。通过分析二者之间的相互关系,有助于预测lincRNA生物学功能。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 37Ensembl Release 55Unigene Build 176GenBank (April 2009)RIKEN 3lincRNA探针是AgilentJohn Rinn 实验室(麻省理工学院-哈佛大学Broad研究所)共同设计的。
Whole Mouse Genome Oligo Microarray4×44K
该芯片可检测小鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本,检测39,430 Entrez Gene RNAs。设计该产品所用的序列信息源于UCSCNIARefSeqEnsemblUnigeneRIKEN等数据库,而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。
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NimbleGen
Mouse 12x135K Arr Del
该芯片可检测44,170 个基因,数据库来源于NCBI MM9

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博奥晶芯
27K Rat Genome Array
共有约26,96270 mer长度的Oligo DNA,来自于Operon公司的Oligo库:Rat Genome Version 3.0.5,共代表了约22,012个基因的27,044个转录本。关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
GeneChip Rat Genome 230 2.0 Array
Affymetrix 大鼠(拉丁文:Rattus norvegicus基因组230 2.0芯片包含有31,000probe sets,可分析30,000个转录本和变异体,代表28,000个大鼠基因。序列信息基于GenBank , dbEST, RefSeqThe sequence clusters UniGene database (Build 99, June 2002) 创建,并通过Baylor医学院人类基因组测序中心(June 2002) 的大鼠基因组进行了分析比较。
Rat Gene 2.0 ST Array / 2.1 ST Array Strip
该表达谱芯片覆盖约27,000个编码和非编码转录本和23,500 Entrez genes。平均每个转录本有22个探针。
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Agilent
SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K
安捷伦基于G3平台最新设计的大鼠表达谱芯片,涵盖30,003Entrez Gene RNAs。探针设计参照的数据库为:RefSeq Build 36.2Ensembl Release 55Unigene Build 177GenBank (January 2009)
Whole Rat Genome Oligo Microarray4×44K
该芯片可检测大鼠基因组中所有已知基因及其产生的转录本,代表了超过 26,930 Entrez Gene RNAs。设计该产品所用的序列信息源于 RefSeqEnsemblUnigene GenBank等数据库,而且绝大多数探针经过Agilent专利的实验验证程序的检验和优化。
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NimbleGen
Rat Expr 12x135K Arr Del
该芯片可检测26,419 个基因,数据库来源于EnsemblRGSC 3.4

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Affymetrix
GeneChip Bovine Genome Array
Affymetrix牛(拉丁文:Bos taurus)基因组芯片覆盖了23,000个牛的转录本。这款芯片可帮助研究者监测各种优良性状的遗传调控机制,诸如,疾病抗性,肉奶产量及逆境胁迫等。
Bovine Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测24341个基因,平均每个基因有23个探针,数据库来源是UMD3.0
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Agilent
Bovine Oligo Microarray (V2)4×44K
Agilent 牛全基因组表达谱芯片(V2)所用的序列信息源于RefSeq Release 34, Mar 2009TIGR Release 12, Sep 2006UniGene Build 93, Sep 2008Btau 4.0等数据库,共设计了 43,083 个探针。
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Affymetrix
Equine Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测马25923个基因,平均每个基因有21个探针,数据库来源是equCab2
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Agilent
Horse Oligo Microarray4×44K
Agilent 马(Equus caballus)全基因组表达谱芯片代表了超过 42,034 个基因和转录本,可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeqUCSCEnsembl 等知名数据库的最新数据。
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Affymetrix
GeneChip Porcine Genome Array
猪(拉丁文:Sus Scrofa)是人类重要的肉食来源,在解剖、物理方面和人类有很多相似性,也被用于医学研究,特别是创伤修复,生殖系统疾病,癌症,心血管类疾病和糖尿病。Affymetrix 猪基因组芯片包含23,937 个探针组,涵盖了23,256个猪转录本,代表20,201S. scrofa基因。序列来源于UniGene Build 28 (August 2004), GenBank mRNAs August 24, 2004, GenBank 猪线粒体和 rRNA 序列. 11个探针对组成一个探针组。
Porcine Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测19212个基因,平均每个基因有22个探针,数据库来源是Sscrofa9(susScr2)
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Agilent
Agilent Porcine Oligo Microarray4×44K
Agilent猪全基因组表达谱芯片代表了超过 42,034 个基因和转录本。设计该产品所用的序列信息源于RefSeqUnigeneTIGR等数据库。
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Affymetrix
GeneChip Canine Genome 2.0 Array
犬(拉丁文:Canis familiaris)是人类疾病医学研究的重要模式生物。Affymetrix犬基因组芯片2.0可使研究者同时研究18,000个家犬(C. familiarismRNA/EST-based transcripts转录本和超过20,000条非冗余预测基因。序列信息来源于家犬UniGene Build #11 (April, 2005), GenBank mRNAs up to April 15, 2005, BROADD1 gene predictions from the boxer dog genome EBI on May 9, 2005)。
Canine Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测27681个基因,平均每个基因有24个探针,数据库来源是canFam2
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Agilent
Dog Oligo Microarray (V2)4×44K
Agilent 犬全基因组表达谱芯片(V2)所用的序列信息源于RefSeqUnigeneEnsembl TIGR 等数据库,代表了超过 42,034 个狗基因和转录本。
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Affymetrix
Feline Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测猫34942个基因,平均每个基因有24个探针,数据库来源是felCat3
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Affymetrix
Ovine Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测绵羊22047个基因,平均每个基因有23个探针,数据库来源是oarV2.0
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Agilent
Sheep Oligo Microarray8×15K
Agilent绵羊全基因组表达谱芯片代表了超过15,200个基因和转录本,可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeqUnigene数据库。
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Affymetrix
GeneChip Chicken Genome Array
该款鸡基因组芯片用来研究33457个鸡及病毒的转录本的基因表达。芯片全面覆盖32,773个转录本,可同时检测28,000个基因,同时包含689个探针组,检测来自17种禽流感病毒的684个转录本。序列信息来源于GenBank, UniGene (Build 18; 15 May 2004), and Ensembl (version 1, released May 2004)的共同部分,每个转录本由11个探针对组成的探针组来检测。
Chicken Gene .0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测18214个基因,平均每个基因有24个探针,数据库来源是galGal3
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Agilent
Chicken (V2) Gene Expression Microarray4x44K
Agilent 的鸡表达谱芯片共设计了43803条探针。设计该产品所用的序列信息源于RefSeq (Release 38), Nov 2009Unigene (Release 41), Oct 2008Ensembl (Release 56), Sep 1, 2009TIGR GGGI (Release 11), Jul 2006UCSC mrna (genbank) Nov 6, 2009UCSC GalGal3Entrez gene, Dec 2009GO, Dec 2009
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Affymetrix

Rabbit Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip NEW

该芯片可检测来源于RefSeq数据库的16500个基因以及来源于Ensembl数据库的21835个基因,平均每个基因有22个探针。

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Agilent

Rabbit Oligo Microarray4×44K

Agilent兔全基因组表达谱芯片代表了数万个个基因和转录本,可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeqEnsemblUnigene等知名数据库的最新数据。

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Affymetrix
GeneChip Zebrafish Genome Array
Affymetrix斑马鱼(拉丁文:Danio rerio)基因组芯片覆盖超过14,900个斑马鱼转录本。序列信息来源于RefSeq (July 2003), GenBank- (release -36.0, June 2003), dbEST (July 2003)以及UniGene (Build 54, June 2003)芯片上的探针组由6个探针对组成,代表每个转录本。
Zebrafish Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测59302个基因,平均每个基因有22个探针,数据库来源是danRer6&Zv9
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Agilent
Zebrafish Oligo Microarray (V2)4×44K
斑马鱼(Danio rerio)是用于研究脊椎动物发育和遗传的重要模式生物。Agilent的斑马鱼全基因组表达谱芯片代表了超过43,000个斑马鱼基因和转录本,芯片所用的序列信息源于RefSeqEnsembl UnigeneUCSCTIGR等数据库。
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Affymetrix
GeneChip hesus Macaque Genome Array
恒河猴rhesus macaque(拉丁文:Macaca mulatta)是研究人类疾病的重要模式生物。该款芯片涵盖了47,000M. mulatta转录本,同时还含有几个相关病毒生物,可进行宿主的疾病免疫反应研究。序列信息来源于Rhesus Macaque Whole Genome Shotgun Assembly (October 1, 2004)GenBank STSs, ESTs, and mRNAs ( March 30, 2005)
Rhesus Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测37292个基因,平均每个基因有23个探针,数据库来源是rheMac2
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Agilent
Rhesus Monkey Oligo Microarray4×44K
恒河猴(Macaca mulatta)是用于研究诸如免疫缺陷性病毒和流感之类重大人类疾病的通用灵长类模式生物。Agilent恒河猴全基因组表达谱芯片代表了超过18,000个基因和转录本,可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于GenBank TIGR数据库。
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博奥晶芯
23k Silkworm Genome Array
家蚕全基因组寡聚核苷酸芯片平台由中国西南大学和博奥生物有限公司共同构建。2004年,中国西南大学完成家蚕基因组序列基本框架图,测序的DNA样本来自五龄三天大造品种(xia, et al., Science, 2004, 306:1937-1940),预测家蚕比较确切的基因18510个,并在science上公布,除这比较确认的18510个基因外,在设计芯片探针的时候,还增加了4000多个预测基因对应的探针,一共是23000个基因。博奥生物有限公司针对每个基因设计了一条70-mer的寡聚核苷酸,通过与NCBI的核酸库进行同源性比对 (BlastP at 10-6 E-value)对基因进行了注释。探针由德国MWG公司合成。
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Affymetrix
GeneChip C. elegans Genome Array
线虫(拉丁文:Caenorhabditis elegans)是发育生物学和功能基因组学的模式生物之一。这款芯片涵盖了22,500个线虫的转录本。序列信息来源于Sanger Center database releaseDecember,2000),GenBank release 121,并Affymetrix 重新进行功能注释完善。
C. elegans Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测28,305个基因,平均每个基因有24个探针,数据库来源是WS231
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Agilent
C. elegans Oligo Microarray (V2)4×44K
Agilent线虫全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于 RefSeqWormBaseUCSCTIGRUnigene 等数据库,代表了数万个基因和转录本。
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博奥晶芯
15k Drosophila Genome Array
共有14,593 70 mer 长度的Oligo DNA,来自于Operon 公司的Drosophila Genome Oligo Set,共代表了约13,664 个基因的17,899 个转录本。关于此Oligo 库的详情,可参见Operon 公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
GeneChip Drosophila Genome 2.0 Array
该芯片可用于研究果蝇(拉丁文:Drosophila melanogaster)转录本的基因表达。共包含18,880个探针组,可用于分析超过18,500个转录本。序列来源于Flybase version 3.114个探针对代表每个序列的转录水平。
Drosophila Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测15,309个基因,平均每个基因有25个探针,数据库来源是r5.45
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Agilent
Drosophila Oligo Microarray4×44K
果蝇是用于发育生物学和分子遗传学研究的最佳模式生物之一。Agilent果蝇全基因组表达谱芯片代表了超过13,936个果蝇基因和转录本,所用的序列信息来自于FlyBaseBDGPEnsemblUCSCTIGRUnigene 等数据库的最新数据。
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Affymetrix
Guinea Pig Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip NEW
该芯片可检测来源于RefSeq数据库的17911个基因以及来源于Ensembl数据库的23170个基因,平均每个基因有22个探针。
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Affymetrix
Zebra Finch Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测18595个基因,平均每个基因有22个探针,数据库来源是TaeGut1
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Affymetrix
Marmoset Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测狨猴33971个基因,平均每个基因有21个探针,数据库来源是WUGSC 3.2/calJac3
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Affymetrix
Cyno-Rhes Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测来源于RefseqCyno)数据库的5319个基因,平均每个基因有24个探针,以及来源于rheMac2Rhesus)数据库的37292个基因,平均每个基因有23个探针。
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Affymetrix
Cynomolgus Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测猕猴40096个基因,平均每个基因有20个探针,数据库来源是Refseq
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Affymetrix
GeneChip Plasmodium/Anopheles Genome Array
该芯片有超过4,300个疟原虫(拉丁文:Plasmodium)转录本和14,900个疟蚊(拉丁文:Anopheles gambiae)转录本。序列信息来源PlasmodB(version 4.1,June 2003)GenBankdbESTEnsembl(Build 2, 2003)
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Agilent
Mosquito Oligo Microarray4×44K
Agilent 疟蚊(Anopheles gambiae)全基因组表达谱芯片代表了超过 26,000 个基因和转录本,可以帮助科学家在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeqUCSCEnsemblUnigene 等数据库的最新数据。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Xenopus laevis Genome 2.0 Array
非洲爪蟾(拉丁文:Xenopus laevis)是发育生物学的一种重要模式生物,目前对于早期胚胎发育的了解主要来源于非洲爪蟾的胚胎。Affymetrix非洲爪蟾基因组芯片2.0可用来研究非洲爪蟾的原始生殖细胞迁移、卵母细胞成熟、程序性细胞死亡、多潜能与种族特异性、核运输、Patterning events、染色体复制、染色质组装、细胞周期进程、细胞内的信号、器官发生、癌变等的主要遗传机制。该款芯片包含32,400个探针组,代表超过29,900个非洲爪蟾转录本。序列信息来源于X. laevis UniGene build 69 (July 2006) GenBank? mRNAs (September 12, 2006)
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Agilent
Frog Oligo Microarray4×44K
Agilent的非洲爪蟾全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于TIGRUnigene 数据库,代表了超过21,495个基因和转录本。
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Affymetrix
GHO Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测仓鼠卵巢48000个基因,平均每个基因有22个探针,数据库来源是Refseqrelease 51)和Ensemblrelease 65)。
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博奥晶芯
29k Arabidopsis Genome Array
CapitalBio 29k Arabidopsis Genome Array 共有2911070 mer长度的Oligo DNA,来自于Operon公司的The Arabidopsis thaliana Genome Oligo Set Version 3.0 ,共代表了约26173个基因,28964个转录本。关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
Arabidopsis ATH1 Genome Array
拟南芥是高等植物研究首选的模式生物之一。Affymetrix拟南芥ATH1基因组芯片是与TIGR共同设计,包含有22,500个探针组,代表大约 24,000个基因。芯片信息来源于200012月完成的国际拟南芥测序计划,随后TIGR重新注释了全部的基因组。
GeneChip Arabidopsis Tiling 1.0R Array
该芯片可用来发现新的转录本,找到染色质免疫共沉淀中蛋白和DNA的结合位点和与全基因组相关的实验。单张芯片超过3.2 million 探针对拟南芥基因组全面无重复的覆盖。序列来源于NCBI Arabidopsis genome assembly (Version 5),线粒体和叶绿体序列来源于NCBI (Accession numbers NC_001284 and NC_000932)。平均35bp探针对间隔,探针长度25mer提高特异性。
Arabidopsis Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测28501个基因,平均每个基因有22个探针,数据库来源是TAIR10
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Agilent
Arabidopsis Oligo Microarray (V4)4×44K
Agilent 拟南芥全基因组表达谱芯片所用的序列信息来自于 RefSeqTAIRTIGRUnigene 等知名数据库,代表了超过 42,000个拟南芥基因和转录本。对研究者而言,这意味着他们可以方便地利用高质量的微阵列分析,在植物器官功能和发育、生长过程、生物性和非生物应抗逆反应等诸多领域获得新发现。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Rice Genome Array
芯片覆盖约51,279个转录本,代表两种水稻品系,大约48,564 japonica品系转录本和1,260indica 品系转录本。序列信息来源于GenBank mRNAs,TIGR基因预测和国际水稻基因组序列计划。NCBI UniGene Build #52 (May 7,2004)GenBank预测基因,TIGR Os1 v2 data set. (ftp.tigr.org FASTA,89.3 MB)
Rice(Cn) Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测40987个基因,平均每个基因有15个探针,数据库来源是BGI
Rice(Jp) Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测29664个基因,平均每个基因有17个探针,数据库来源是RAP2
Rice(US) Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测45207个基因,平均每个基因有19个探针,数据库来源是osa1r6
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Agilent
Rice Oligo Microarray4×44K
Agilent水稻全基因组表达谱芯片将使科学家能同时研究与生物功能、生长过程、生物性和非生物应抗逆反应等相关的数万个水稻基因。这一的探针设计源自安捷伦和日本国家农业生物科学研究所的成功合作,代表了超过40,000 个水稻基因和转录本,所有注解都可以在RAP-DB数据库进行查询。
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芯片平台
芯片名称
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博奥晶芯
棉花cDNA芯片
棉花全基因组cDNA 芯片平台由北京大学和博奥生物有限公司共同构建。北京大学提供PCR 扩增产物,博奥生物完成芯片点制。
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Affymetrix
GeneChip Cotton Genome Array
Affymetrix棉花基因组芯片包含23,977个探针组,代表了21,854个棉花转录本,序列信息来源于GenBank, dbEST, RefSeq, Gossypium hirsutum UniGene database (Build 2, August 2006) Gossypium raimondii UniGene database (Build 2, September 2005)等数据库。
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Agilent
Cotton Oligo Microarray4×44K
该款芯片包含43,803 条探针,序列来源于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA, TIGR Gene Indices等数据库。
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芯片平台
芯片名称
详细介绍
Affymetrix
GeneChip Maize Genome Array
玉米(拉丁文:Zea mays)是世界上最重要的经济作物。涵盖了14,850个转录本,Affymetrix玉米基因组芯片全面涵盖NCBIUniGene数据库中100种玉米品系,包括最具代表性的品系B73Ohio43W22W23W64A以及Black Mexican Sweet等,从而可了解外部刺激如肥料,害虫和生长条件等对转录本的影响。该款芯片包含17,555个探针组,覆盖14,850个玉米转录本,代表了13,339条基因(12,113 在不同的 UniGene clusters)。序列信息来源于NCBI's GenBank(up to September 29, 2004) 和玉米 UniGene Build 42 (July 23, 2004)数据库,15个探针对代表每个转录本。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Barley Genome Array
Affymetrix大麦(拉丁文:Hordeum vulgare)基因组芯片芯片信息来自NCBI/GenBank非冗余数据库,筛选48个文库的400,000条原始的大麦ESTs,最终使用350,000ESTs
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Agilent
Barley Oligo Microarray4×44K
Agilent 大麦全基因组表达谱芯片所用的序列信息源于WormBaseRefSeqUnigeneEnsemblUCSC TIGR 等数据库,代表了超过 43,000 个大麦基因和转录本。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Wheat Genome Array
随着作物改良和基因表达的研究,小麦(拉丁文:Triticum aestivum)基因组芯片可以用来研究营养价值,作物产量及环境胁迫对小麦的影响等。该芯片包含61,127个探针组,代表小麦全基因组42条染色体的55,052个转录本。该款芯片根据GenBank dbEST设计,序列信息来源于 Triticum aestivum UniGene Build #38 (build date April 24, 2004) ESTs species T. monococcum, T. turgidum, Aegilops tauschii),GenBank full-length mRNAsMay 18, 2004)。
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Agilent
Wheat Oligo Microarray4×44K
Agilent 最新推出的小麦全基因组表达谱芯片所用的序列信息源于WormBaseRefSeqUnigene TIGR 等数据库,代表了超过 42,000 个基因和转录本。
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芯片平台
芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Soybean Genome Array
Affymetirx大豆(拉丁文:Glycine max)基因组芯片覆盖了37,500 个大豆转录本,可同时检测两种重要的大豆病原体,特别是包含15,800个大豆疫霉属(Phytophthora sojae)和7,500个大豆孢囊线虫(Heterodera glycines)的转录本。
Soy bean Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测来源于Glymal数据库的66473个基因,平均每个基因有19个探针,以及来源于GeneBank8250个基因,平均每个基因有16个探针。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Poplar Genome Array
Affymetrix 杨树(拉丁文:Populus sp.)基因组芯片包含超过61,000个探针组,代表了超过56,000个转录本和预测基因。序列信息来源于UniGene Build #6 (March 16, 2005)GenBank(April 26,2005) mRNAs and ESTs,杨树基因组计划 (download date May 4, 2005)
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Medicago Genome Array
该芯片包括48,116个蒺藜苜蓿(拉丁文:Medicago truncatula)转录本、1,850个紫花苜蓿(拉丁文:Medicago sativa)转录本和8,226个根瘤菌(拉丁文:Sinorhizobium meliloti)转录本。可用于三者共生有机体的基因表达情况。该芯片有助于研究豆类基因组,固氮细菌与植物之间共生关系。序列信息来源于TIGR M. truncatula gene index (The Institute for Genomic Research, January 2005),国际苜蓿基因组注释小组International Medicago Genome Annotation Group (IMGAG)的预测基因, 根瘤菌基因组, 和紫花苜蓿EST的基因注释可通过TIGR获得的预测基因。该芯片拥有超过61,200个探针组:其中32,167个基于蒺藜苜蓿EST/mRNA和叶绿体基因的探针组,18,733个基于蒺藜苜蓿IMGAG2/3 BAC预测的探针组,1,896个基于紫花苜蓿EST/mRNA的探针组以及8,305个基于根瘤菌基因预测的探针组。
Medicago Gene 1.0 ST Array / 1.1 ST Array Strip
该芯片可检测38144个基因,平均每个基因有22个探针,数据库来源是Mt2.0
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Agilent
Medicago Oligo Microarray4×44K
该款芯片包含43,803 条探针,序列来源于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA, TIGR Gene Indices等数据库。
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芯片名称

详细介绍

Affymetrix

GeneChip Citrus Genome Array

Affymetrix柑橘(拉丁文:Citrus) 基因组芯片包括30,171个柑橘探针组,代表约33,879条柑橘基因。 序列来源于柑橘HarvEST EST and cDNA clustering数据库。每个探针组有11个探针对。

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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Sugar Cane Genome Array
Affymetrix甘蔗(拉丁文:Saccharum officinarum) 基因组芯片可有助于研究者阐明甘蔗改良作物产量和昆虫及疾病的抗性等复杂遗传性状。该款芯片包括8,236个甘蔗探针组,代表约6,024条甘蔗基因(包括UniGene non-UniGene gene clusters)序列来源于甘蔗UniGene Build 5August 27th, 2004 GenBank mRNAsNovember 2, 2004)。每个探针组有11个探针对。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Tomato Genome Array
西红柿(拉丁文:Lycopersicon esculentum)是重要的经济作物。该款芯片包含超过10,000个探针组,涵盖了9,200个西红柿转录本,有助于农业科学者研究西红柿的遗传特性。序列信息来源于Lycopersicon esculentum UniGene Build #20 (October 3, 2004) GenBank mRNAs November 5, 2004)。
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Agilent
Tomato Oligo Microarray4×44K
Agilent西红柿全基因组表达谱芯片所用的序列信息源于WormBase RefSeqUnigene TIGR 等数据库,代表了超过 42,000 个基因和转录本。
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芯片名称
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Affymetrix
GeneChip Vitis vinifera (Grape) Genome Array
Affymetrix葡萄(拉丁文:Vitis vinifera)基因组芯片覆盖14,000 V. vinifera转录本和1,700个其它Vitis葡萄品系的转录本。每个序列代表的转录本由16个探针对表示。序列来源于 GenBank, dbEST, and RefSeqThe sequence clusters UniGene数据库(Build 7, Oct 2003)创建。
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芯片名称
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Agilent
Brassica Oligo Microarray4×44K
该款芯片包含43,803 条探针,序列来源于RefSeq, UniGene, TIGR Plant TA, TIGR Gene Indices等数据库。
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芯片名称
详细介绍
Agilent
Tobacco Oligo Microarray4×44K
Agilent烟草全基因组表达谱芯片代表了超过42,034个基因和转录本,可以帮助研究者在全基因组水平对未知基因的生物学功能获得新发现。本款芯片所用的序列信息源于RefSeqTIGRUnigene等数据库。
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芯片名称
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博奥晶芯
9K E.coli Genome Array
共有930870 mer长度的Oligo DNA,来自于Operon公司的E. coli Genome Oligo Set (Version 2.0) 关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
GeneChip E. coli Genome 2.0 Array
该芯片可检测大肠杆菌(拉丁文:Escherichia coli K12菌株和三种病原菌株的转录本的表达,使得研究者在研究K12菌株项目的同时,全面了解大肠杆菌的3种病原菌形成。该款芯片包含10,000个探针组,覆盖大肠杆菌的所有open reading framORF),包括超过700个间隔区域,抗生素抗性markers,其它的对照和reporter基因,研究在4E. coli 菌株中的20,366个基因。
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Agilent
E. coli Oligo Microarray8×15K
大肠杆菌是用于微生物研究的最重要的模式生物。Agilent大肠杆菌全基因组表达谱芯片代表了超过全部5,000个大肠杆菌基因,所用的序列信息来自于TIGR数据库。
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芯片名称
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博奥晶芯
8K C.albicans Genome Array
包括约800070 mer长度的Oligo DNA,可以对白色念珠菌的基因表达水平进行检测。
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芯片名称
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博奥晶芯
7K Yeast Genome Array
包括约640070 mer长度的Oligo DNA,来自于Operon公司的Yeast Genome Oligo Set,该Oligo库的探针是根据酵母基因组的ORF序列(http://genome-www.stanford. edu /Saccharomyces/)设计,关于此Oligo库的详情,可参见Operon公司的网站:http://www.Operon.com
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Affymetrix
GeneChip Yeast Genome 2.0 Array
酿酒酵母(拉丁文:Saccharomyces cerevisiae)和裂殖酵母(拉丁文:Schizosaccharomyces pombe)的转录本。该芯片大约包括5,744 探针组代表5,845 酿酒酵母基因中的5,841 个基因和5,021 探针组代表裂殖酵母的 5,031 基因。序列信息分别来源于酿酒和裂殖酵母基因组的GenBank (May 2004) Sanger Center (June 2004) 。每个转录本由11个探针对组成1个探针组表示。
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芯片平台
芯片名称
详细介绍
Affymetrix
GeneChip P. aeruginosa Genome Array
该芯片可了解绿脓杆菌(拉丁文:Pseudomonas aeruginosa)的转录调控和抗菌剂反应。绿脓杆菌PA01菌株(注释的基因组)和5,549蛋白编码序列,18 tRNA 基因,rRNA cluster117其他菌株的基因,此外,199个探针组代表了超过600bp大小的所有间隔区域。所有探针在人基因组数据库进行了同源性筛选。
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芯片平台
芯片名称
详细介绍
Agilent
Magnaporthe grisea 2.0 Oligo Microarray4×44K
稻瘟菌是导致水稻主要病害稻瘟病的原因,是影响水稻产量乃至世界粮食安全的主要威胁。Agilent稻瘟菌全基因组表达谱芯片代表了超过13,000个稻瘟菌基因和转录本以及超过7,000个水稻基因,能帮助科学家在全基因组水平对宿主和病原体同时进行研究。
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芯片平台
芯片名称
详细介绍
Affymetrix
GeneChip S. aureus Genome Array
研究下面4个金黄色葡萄球菌(拉丁文:Staphylococcus aureus)的菌株序列:N315 (National Institute of Technology and Evaluation, Japan), Mu50 (National Institute of Technology and Evaluation, Japan), NCTC 8325 (University of Oklahoma), COL (TIGR)。该芯片的探针组涵盖3,300 个以上的S. aureus ORF,还包括正义和反义的超过4,800 S. aureus基因组间隔区域。
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