转录组学Transcriptome

Illumina small RNA 测序

Small RNA是生物体内一类重要的调控分子,参与细胞生长、发育、代谢、基因转录和翻译等诸多生物学过程,在疾病的发生发展转归的病理过程中也具有非常重要的作用,是一类新的极具开发潜质的生物标志物和药物靶标。新一代测序技术的高通量、高灵敏性、高精确性、低样品需求量、操作简便等特点,为在基因组范围内快速研究任一物种已知的small RNA的表达情况和预测挖掘新的small RNA调控分子提供了强有力的技术工具。 博奥生物在多年miRNA表达谱芯片服务的基础上,推出基于Illumina GAIIx 的small RNA测序服务,结合illumina新推出的TruSeq样品制备、簇生成和测序试剂以及升级更新的算法软件,降低了测序过程中的GC偏向性,提高了测序覆盖度和均一性,测序数据更加准确、可靠。

实验流程| 技术优势| 样品要求| 数据分析| 参考文献|

  • 高度开放性:无需预先了解序列信息和二级结构,即可研究任一物种已知的小RNA分子和预测新的小RNA分子。
  • 高度灵活性:可研究任一17~35nt之间小RNA分子。
  • 高度精确性:可精确到单核苷酸水平,非常有利于区分高度同源的小RNA分子和鉴定小RNA的多态性。
  • 检测动力学范围广:可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析,有利于低丰度小RNA差异表达的研究。
  • 保持链特异性信息:保留了小RNA的原始链定位信息,有利于研究小RNA的表达调控机理。
  • 数据质量高:深度测序保证了抽样随机性,可靠性和重复性高,与实时定量PCR结果具有较高的一致性。

  • 样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。
  • 样品量:细胞样品请提供至少5×106个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供30μg以上的总RNA。
  • 样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度 ≥ 500ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 8。
  • 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
  • 样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

  • 去除低质量、污染、接头的序列(reads)统计,包括reads长度、reads数量、reads碱基偏好、数据产量等统计分析。
  • 已知small RNA注释:miRNA, siRNA, piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等
  • 降解片段鉴定:mRNA, exon, intron等
  • 新miRNA预测
  • miRNA同源性结构分析
  • miRNA表达谱聚类分析
  • miRNA差异表达分析
  • miRNA靶基因预测
  • miRNA靶基因功能注释、pathway和Gene Onlotogy显著性富集分析
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